Yonaguni được biết đến ở Nhật Bản bởi sản phẩm hanazake, một loại thức uống pha chế từ rượu gạo có hàm lượng cồn 60% (awamori) chỉ được sản xuất trên đảo này.

Hòn đảo cũng là môi trường tự nhiên duy nhất nuôi giống ngựa đặc biệt, ngựa Yonaguni.

Yonaguni là nơi thu hút các thợ lặn do có rất nhiều cá mập đầu búa săn mồi trong khu vực này trong suốt mùa đông.

Vào thập niên 1980, các thợ lặn phát hiện ra một thành hệ đá dưới nước rất ấn tượng nằm ở điểm cực nam của đảo. Đây còn được gọi là Yonaguni Monument, nơi này có cấu tạo bậc giống như các bậc của cầu thang với bề mặt bằng phẳng và các góc rõ ràng. Dựa trên những đặc điểm này, các học giả cho rằng nó là một công trình nhân tạo có tuổi hàng ngàn năm.